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이듬해에 참모 총장이었던 그는 다가올 전쟁에 대비하여 적극적으로 군대의 재조직과 재무장을 추진하였다. 1940년 9월에
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그리스-이탈리아 전쟁이 일어나자 그는 총사령관에 임명되어 알바니아 국경에서 對이탈리아 작전을 지휘하였다. 10월 28일에 이탈리아의 공격으로 파파고스의 군대는 11월 8일에 진격을 중단하고 11월 18일과 12월 13일에 이탈리아군을 알바니아로 몰아내었다. 그리스 군대의 승리로 파파고스는 세간의 명성과 찬사를 얻었다. 1941년 3월 9~16일에 이탈리아의 두 번째 반격 역시 격퇴되었다. 이렇듯 승리를 거두었으나 파파고스는 그리스 군대 대부분을 알바니아에 주둔시켜야 했으며, 독일의 간섭이 가까워지는 가운데 동북쪽 국경을 강화하기 위하여 점차 철수하도록 명령하길 꺼렸다.